公报显示，长江１７个断面水质均在Ⅲ类水质标准以上，入境断面朱沱和出境断面培石水质均为Ⅱ类；嘉陵江除大溪沟断面水质为Ⅲ类外，其余断面水质为Ⅱ类；乌江６个断面水质为Ⅰ类和Ⅱ类的断面分别有４个和２个。在监测的项目中，只有粪大肠菌群和总磷出现超标，与２００３年相比，水质超标项目减少了石油类、化学需氧量和氨氮。

　　次级河流水质有所好转。全市７０条主要次级河流１７２个监测断面水质属Ⅰ－ Ⅲ类的断面比例占４９．６％，与２００３年相比上升７．４个百分点。其中满足水域功能的断面占５２．９％，比前年上升１１．３个百分点。主要超标项目有粪大肠菌群、化学需氧量、石油类、氨氮、总磷、高锰酸盐指数和生化需氧量。对三峡库区１３条一级支流营养状态的监测和评价表明，有５条河流呈轻度富营养状态，部分河段曾出现过“水华”现象